Доброго времени суток.
В общем SPI нужно подключить, в черной таблетке любой из 3х, это выводы PB12,13,14,15 или PB3, 4, 5, РА15 или РА4-РА7. Это для подключения внешней SD карточки.
Если будет задействован экран работающий по параллельной шине , то i2c дисплей и MKS_TFT работать не будет, соответственно на В7 и В6 можно повесить выводы LCD_хх - кактие удобнее разводить, их сконфигурировать можно. И наоборот, если включен дисплей I2C то пины LCD_хх вообще все освобождаются, хоть второй экструдер вешай или еще какую автоматику.
Входы концевиков можно повесить на любой вывод, не обязательно на ADC например перенести их на В2, В10, но можно и на любой другой, с них сигнал идет в виде 0 или 1, и ADC там не нужен. ADC нужен только для термисторов, T_BED и T_HOT подключены верно.
Или можно к примеру X_MIN, Y_MIN перенести на РС13,РС14 к Z_MIN поближе, а энкодер на РВ2, РВ10.
Вариантов много, но SPI подключать нужно аппаратный, любой из 3х, это в марлине потом перенастраивается.